Boğaziçi Üniversitesi, tüm idari yapılanmasında özerk, özgürlükçü, demokratik ve katılımcı üniversite yönetişim modelini uygulamaktadır. Ademimerkeziyetçi kurum kültürünü koruyarak, üniversite genelinde bütünselliği ve bağdaşıklığı sağlayacak yapıları oluşturmuştur. 2547 sayılı Yükseköğretim Kanununda öngörülen teşkilat modeli içinde katılımcı bir sistem sağlayabilmek için Üniversite Senatosu ve Üniversite Yönetim Kurulu tarafından çok sayıda kurul ve komisyon kurulmuştur.  

Boğaziçi Üniversitesinin yönetim stratejisi, tüm iş süreçlerinin iyileştirilmesi, süreç yönetiminin kurumsallaştırılması, akademik ve idari kadronun görüş ve değerlendirmelerinden yararlanarak, motivasyon ve bağlılıklarını sürekli kılmak olarak özetlenebilir.